Том 1: Кантаты №№1—10
Том 2: Кантаты №№11—20
Том 3:

15 инвенций, 15 синфоний
Clavier-Ubung I: шесть партит
Clavier-Ubung II: концерт и партита
Clavier-Ubung III: органная месса (хоральные прелюдии IV) и четыре дуэта для органа
Clavier-Ubung IV: Ария с 30 вариациями («Гольдберг-вариации»)
Токкаты фа-диез минор, до минор; фуга ля минор

Том 4: Страсти по Матфею
Том 5: часть 1: Кантаты №№21—30
Том 5: часть 2: Рождественская оратория
Том 6: Месса си минор
Том 7: Кантаты №№31—40
Том 8: Мессы фа мажор, Ля мажор, соль минор и Соль мажор
Том 9:

Три сонаты для клавира и флейты
Сюита для клавира и скрипки Ля мажор
Шесть сонат для клавира и скрипки
Три сонаты для клавира и виолы да гамба
Соната для флейты, скрипки и basso continuo Соль мажор
Соната для двух скрипок и basso continuo До мажор

Том 10: Кантаты №№41—50
Том 11: Магнификат Ре мажор, кантаты BWV 201—204
Том 12: Страсти по Иоанну, кантаты №51—60
Том 13:

Кантаты BWV 195—197
Хоралы BWV 250—252
Шесть английских сюит
Шесть французских сюит
Хоралы BWV 307, 405, 434, 365…
Кантата «La?, Furstin, la? noch einen Strahl» (Trauerode)

Том 14: Хорошо темперированный клавир
Том 15:

Шесть сонат для двух мануалей и педали
Шесть прелюдий и фуг для органа, №№7—12
Шесть прелюдий и фуг для органа №№13—18
Токкаты До мажор, ре минор, Ми мажор

Том 16: Кантаты №№61—70
Том 17: Клавирные концерты №№1—8 (ре, Ми, Ре, Ля, фа, Фа, соль, ля)
Том 18: Кантаты №№71—80
Том 19: Бранденбургские концерты №№1—6 (Фа, Фа, Соль, Соль, Ре, Си-бемоль)

Том 20: Кантаты №№81—90, кантаты BWV 206, BWV 207
Том 21:

Скрипичный концерт №1 ля минор
Скрипичный концерт №2 Ми мажор
Концерт №3 для двух скрипок ре минор
Синфония Ре мажор с солирующей скрипкой
Концерт №1 для двух клавиров до минор
Концерт №2 для двух клавиров До мажор
Концерт №3 для двух клавиров до минор
Пасхальная оратория

Том 22: Кантаты №№91—100
Том 23: Кантаты №№101—110
Том 24: Кантаты №№111—120
Том 25:

Искусство фуги
Хоральные прелюдии I: Orgel-Buchlein
Хоральные прелюдии II: 6 «Шублер»-хоралов
Хоральные прелюдии III: 18 «Лейпцигских» хоральных прелюдий

Том 26: Кантаты №№121—130
Том 27:

Шесть сонат для скрипки
Шесть сюит для виолончели

Том 28: Кантаты №№131—140
Том 29: Кантаты BWV 208—212, BWV 194
Том 30: Кантаты №№141—150
Том 31:

Четыре оркестровых сюиты
Синфония Фа мажор
Музыкальное приношение
Концерт №1 ре минор для трёх клавиров
Концерт №2 До мажор для трёх клавиров

Том 32: Кантаты №№151—160
Том 33: Кантаты №№161—170
Том 34: Кантаты BWV 173a, BWV 36b, BWV 213—215
Том 35: Кантаты №№171—180
Том 36:

Cюиты для клавира BWV 818—820
Соната для клавира Ре мажор, BWV 963
Токката Ре мажор
Токката ре минор
Токката ми минор
Токката соль минор
Токката Соль мажор
Хроматическая фантазия и фуга
Фантазия и фуга ля минор
Прелюдия и фуга Ми-бемоль мажор
Прелюдия и фуга ля минор BWV 894
Прелюдия и фуга ля минор BWV 897
Прелюдия и фугетта ре минор
Прелюдия и фугетта ми минор
Прелюдия и фугетта Фа мажор
Прелюдия и фугетта Соль мажор
12 маленьких прелюдий
6 маленьких прелюдий
Прелюдия До мажор
Прелюдия (фантазия) до минор
Прелюдия (фантазия) ля минор
Фантазия соль минор
Фантазия до минор
Фантазия на рондо до минор
Фантазия до минор
Фугетта до минор
Фуги, Каприччио
Ария с вариациями на итальянский манер

Том 37: Кантаты №№181—190
Том 38:

Прелюдии, фуги, фантазии и другие пьесы для органа
Четыре концерта для органа (Соль, ля, До, До)

Том 39:

Мотеты BWV 225—231
Хоралы BWV 253—438
Песни BWV 439—507
Три арии и две песни из тетради для А.М.Бах BWV 515, 508, 509, 510, 518
 

Хоральные прелюдии V: BWV 690–713
Хоральные прелюдии BWV 714–764
Партиты и хоральные вариации BWV765–771

Том 41: Кантата №191, кантаты BWV 192, 193, 197a, 34, 120a; отдельные церковные произведения
Том 42:

Клавирные переложения собственных произведений
Переложения 16 концертов Вивальди
Вероятно собственные произведения

Том 43:

Три сонаты для флейты и basso continuo
Соната и фуга для скрипки и basso continuo
Соната для двух клавиров Фа мажор
Дуэт Фа мажор
Концерт для четырёх клавиров по Вивальди

Том 44: Факсимиле
Том 45: часть 1:

Шесть английских сюит
Шесть французских сюит
Каноны BWV 1072–1078
Различные инструментальные композиции
Klavier-Buchlein fur Wilhelm Friedemann Bach

Том 45: часть 2: Страсти по Луке
Том 46: Указатели

Дополнительный том:

Искусство фуги (редакция Wolfgang Graeser)