Родился 5 августа 1761 года в Петербурге, в семье солдата- артиллериста. В 1767 году поступил в петербургскую Академию художеств, которую окончил с отличием в 1782 году. В Академии наряду с общеобразовательными предметами Фомин обучался игре на клавикордах и брал уроки композиции у Раупаха и Сартори. По окончании учебы Фомин был направлен в Болонью для дальнейшего совершенствования. В 1785 году композитор был избран членом болонской филармонической Академии. В том же году он возвращается в Петербург и целиком посвящает свою жизнь музыкальному театру. В 1786 году Фомин создает оперу-балет «Новгородский богатырь Боеслаевич», основанную на былинном материале. В последующие годы композитор пишет оперы «Ямщики на подставе» (1787), «Вечеринки, или Гадай, гадай, девица» (1788), «Американцы» (1788), «Колдун, ворожея и сваха» (1791), мелодраму «Орфей» (1792), оперы «Клорида и Милон», «Золотое яблоко» (годы создания не известны). Фомин писал музыку для театра в самых различных жанрах и вел большую практическую работу — разучивал партии с певцами, инструментовал, редактировал, дописывал отдельные сцены для идущих на сцене произведений других композиторов. В 1797 году Фомин получил назначение на должность «репетитора оперных партий». Умер Евстигней Ипатьевич Фомин 28 апреля 1800 года в Санкт-Петербурге.